Зачатьевский монастырь имеет длинную и достаточно сложную историю. Обитель, основанная митрополитом Алексием в 1360 г., за время своей истории пережила периоды почти полного исчезновения в ее стенах монастырской жизни, что было сопряжено и с утратой существовавших монастырских зданий. Первый раз это произошло в 1547 г., когда знаменитый московский пожар уничтожил находившийся на этом месте Алексеевский монастырь. Затем, почти через сорок лет, здесь возродился монастырский ансамбль, созданный по заказу царя Феодора Иоанновича. Новая обитель стала именоваться Зачатьевской по соборному престолу во имя Зачатия св.прав.Анны. Новый пожар 1612 г. уничтожил эту обитель вместе с Остожьем. Монастырь возродился при Михаиле Федоровиче и благополучно просуществовал до конца XVIII в., когда началась перестройка его каменного соборного храма (который может датироваться в пределах конца XVI - первой трети XVII в.). Сложившийся к началу XX столетия монастырский ансамбль лишился своей главной доминанты - собора - в связи с очередным уничтожением обители, погибшей на сей раз в огне богоборческих гонений. На месте сменявших друг друга соборных храмов была построена типовая школа. Доминировавшая среди остатков обезображенных монастырских зданий, лишенных признаков церковных построек. В 1995 г. монастырь был возрожден, а школа разобрана. За прошедшие десять лет монастырской общиной были восстановлены многие монастырские здания, отреставрирован трапезный корпус (в том числе был возвращен первоначальный облик интерьеру трапезного зала), больничный храм Сошествия Святого Духа, восстановлен настоятельский корпус. Однако все эти работы не могут компенсировать утрату главной доминанты, без которой монастырские здания остаются разрозненными и разновременными постройками, не образующими ансамбль. Это не только архитектурная категория, так как исчезновение собора привело к утрате доминанты богослужебной жизни обители. Поэтому конечной целью современной реконструкции монастыря является возвращение монастырскому ансамблю утраченной целостности. Ее осуществление связано со строительством уничтоженного собора. Это могло быть воссоздание собора конца XVIII - начала XIX, снесенного в 1924 г., или же строительство в его общих параметрах, но в иной пластической проработке. Выбор варианта был определен при завершении археологических раскопок. После разборки школы были начаты редкие по масштабу археологические работы - раскрывшие место храмового комплекса, на котором он достоверно существовал с середины XVI в. После окончания археологических работ стало ясно, что характер архитектурной структуры должен определяться задачей максимального сохранения руин фундаментов и цокольной части стен двух соборов - конца XVIII - начала XIX вв. и конца XVI - первой трети XVII в., а так же участков, на которых сохранился культурный слой с объектами XIV - середины XVI в. Открытые фундаменты представляют собой фрагментарные остатки, нарушенные при строительстве школы. Ее фундаменты и стены перерезают остатки двух монастырских соборов. Тем не менее, даже во фрагментарном виде фундаменты и стены сменявших друг друга храмов, и некрополя XIV - XVIII вв. имеют особую историко-архитектурную и археологическую ценность, поскольку связаны с одним из наиболее ранних в Москве митрополичьих монастырей, достоверно основанным в конце XIV столетия. Для обители они являются реликвией, предметом поклонения монашествующих и прихожан, поскольку связаны с духовным опытом подвизавшихся на этом месте насельниц. Поэтому они должны быть укреплены, музеефицированы и подготовлены для экспонирования. Весь открытый археологический комплекс следует максимально сохранить при новом строительстве. Его нельзя использовать в качестве основания будущего храма. Этот комплекс заключается в своеобразный саркофаг, который становится основанием и для сооружения, который приобретает значение храма над подлинными руинами монастырских соборов, храмом над археологическим музеем. По замыслу авторов проектного предложения разбираются стены и фундаменты школы, перерезающие остатки соборов. На место школьных фундаментов должны встать опоры перекрытия археологического музея, которые станут и опорами для храма. Формулируя отношение к архитектуре этого собора, авторы руководствовались убеждением в том, что его архитектура должна подчеркнуть безвозвратность утраченного. Кроме того, представляется несомненным, что чем уникальнее утраченное здание по своей архитектуре, чем ярче в его облике был выражен индивидуальный, не тиражированный авторский замысел, тем труднее становится его адекватное воссоздание.
При отсутствии подробных, детальных обмеров разрушенного собора, неполнота фотофиксационного материала внесут определенную долю условности и схематичности в воспроизведение утраченных форм. Кроме того, новый храм оторван от своего фрагментарно сохранившегося основания и является храмом-реликварием над остатками двух, а по некоторым археологическим данным, и трех соборов. Поэтому авторы выбрали иной путь, предлагая воспроизвести лишь основные композиционные параметры утраченного собора - его высоты, общую структуру плана. Пластическая проработка его форм не должна иметь конкретный исторический адрес, а должна подчеркивать, что перед зрителем новый храм. Его архитектура должна быть при этом традиционной, неагрессивной по отношению к существующим разновременным постройкам. В разработке объемно-пространственной структуры нового собора было учтено желание заказчика восстановить систему монастырских престолов, существовавших в монастыре, и в разное время существовавших в соборных храмах разных эпох. Это престолы Казанской иконы Божьей Матери, Рождества Пресвятой Богородицы, Зачатия св. Анны, Феодора Стратилата, Алексия митр. Московского, Мученицы Ирины, Алексия человека Божия, Неопалимой Купины. На уровне цоколя - в уровне археологического музея восстанавливается план собора рубежа XVIII-XIX вв. Подлинные фрагменты стен не будут несущими, их кладка будет реставрационными методами подготовлена к экспонированию. Утраченные части стен, которые должны стать опорой для плиты саркофага, столбов и стен нового собора, возводятся из принципиально новых материалов, в том числе и для обозначения их новодельного характера. Преемственность с уничтоженным в XX в. собором на этом уровне подчеркивается тем, что в трапезной размещаются приделы, некогда там существовавшие - св.Алексия Митрополита и св.Феодора Стратилата. Накрытый общей плитой, как саркофаг, весь цокольный этаж служит конструктивной основой, а визуально - пьедесталом для нового храма. Благодаря следованию в общей разметке плана формам утраченного собора, появляется возможность повторить не только общую композицию объемов, но и структуру интерьера. В то же время, архитектура нового храма должна корреспондироваться и с памятником конца XVII в. - надвратным храмом Спаса Нерукотворного, и с постройками эпохи историзма второй половины XIX столетия. Этим продиктован выбор форм, содержащих аллюзии на московские соборные храмы XVI-XVII вв., а также на их интерпретации в XIX столетии. Кроме того, судя по историческим материалам, подобный скромный пятиглавый собор, достоверно существовал в монастыре в XVII-XVIII вв. Для целостности монастырского ансамбля существенно и строительство колокольни. Выбор ее местоположения продиктован необходимостью иметь соборную площадь в монастыре.